บ้านสะอากเริ่มก่อตั้งมาประมาณปี พ.ศ. ๒๔๔๐ โดยชาวบ้านในหมู่บ้านได้ร่วมกันบริจาคที่ดินประมาณ ๔๕ ไร่ เพื่อที่จะสร้างที่พักสงฆ์ในปี พ.ศ ๒๔๙๙ ในพรรษาแรกมีพระภิกษุและสามเณรจำพรรษา ๑๒ รูป มีประธาน คือ ท่านพระอาจารย์กล่อม ท่านอยู่จำพรรษาประมาณ ๗ พรรษา ในปี พ.ศ. ๒๕๐๕ ท่านพระอาจารย์กล่อมและพระภิกษุสามเณรบางส่วนได้กลับวัดเดิม คือ วัดโสภณวิหาร คงเหลือแต่ท่านพระอาจารย์ทอนและพระภิกษุสามเณรที่อยู่ในหมู่บ้านเท่านั้น
เริ่มแรกการก่อตั้งวัดใช้ชื่อว่า วัดบ้านสะอาก ตามชื่อของหมู่บ้านในขณะนั้น ต่อมาจึงเปลี่ยนชื่อใหม่ว่า วัดศรีสะอาด เพราะคำว่า “สะอาก” นั้นแปลตามภาษาเขมรว่า ไม่สะอาดหรือไม่เสร็จ จึงเปลี่ยนชื่อใหม่เพื่อเป็นสิริมงคล
เพราะความศรัทธาในพระพุทธศาสนาของชาวบ้าน ทำให้การพัฒนาวัดเจริญก้าวหน้าพอสมควร ในปี พ.ศ. ๒๕๐๗ ท่านพระอาจารย์ทอนและชาวบ้านได้ริเริ่มสร้างโรงพระอุโบสถ โดยใช้วัสดุหาง่าย คือ ใช้ไม้ทำเสา ใช้ไม้ไผ่สานฉาบทับด้วยปูน มุงหลังคาด้วยสังกะสี ยังไม่แล้วเสร็จท่านก็ลาไปจำพรรษาที่จันทบุรีในปี พ.ศ. ๒๕๑๒ ต่อมาได้แต่งตั้ง ท่านพระอาจารย์พิน จารคโตรักษาการแทนและได้เป็นเจ้าอาวาส ซึ่งท่านได้สร้างอุโบสถต่อจนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๑๖ ได้รับพระราชทานพระวิสุงคามสีมาในปี พ.ศ. ๒๕๑๘
ปี พ.ศ. ๒๕๑๖ คณะครูนำโดยครูใหญ่คำนึง เสนาะได้ปรึกษากับท่านพระอาจารย์พินและคณะกรรมการวัดเพื่อหาที่ดินสร้างโรงเรียนเนื่องจากคับแคบ ทางวัดจึงได้มอบที่ดินประมาณ ๑๖ ไร่ ให้สร้างโรงเรียนหลังใหม่ หลังจากฉลองอุโบสถเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๒๐ ท่านก็มรณภาพ
ท่านพระอธิการชิต เตชธมฺโม บวชในช่วงที่ฉลองอุโบสถหลังใหม่ ท่านจึงได้เป็นเจ้าอาวาสต่อ ท่านได้ร่วมปรึกษากับผู้ใหญ่ทอน ผู้ใหญ่มี สุระ บ้านภูมิร่มเย็น พ่อมี พ่อรื่นและญาติโยมบ้านสะอาก บ้านภูมิร่มเย็นได้เริ่มสร้างกุฏิสงฆ์หลังใหม่ (กุฏิไม้ในปัจจุบัน) แล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๒๓ และสร้างศาลาการเปรียญหลังใหม่ โดยมีท่านพระอาจารย์เวือควบคุมการสร้าง ต่อมาท่านได้ลาไปจำพรรษาที่กรุงเทพฯ และลาออกจากตำแหน่งเจ้าอาวาสในปีต่อมา
ในช่วงที่ท่านพระอธิการชิตไปจำพรรษาที่กรุงเทพ ก็ได้ท่านพระอาจารย์ชม หลวงตามี และท่านหลวงตาอินทร์ช่วยกันปกครองและพัฒนาวัด เช่น สร้างศาลาเอนกประสงค์ ศาลาโรงฉันจนแล้วเสร็จ ท่านพระอาจารย์ชม และหลวงพ่อท่านก็สึก เมื่อท่านพระอธิการชิตลาออกจากเจ้าอาวาส คณะสงฆ์แต่งตั้งท่านหลวงตาอินทร์เป็นเจ้าอาวาสในปี พ.ศ. ๒๕๓๕ เมื่อท่านเป็นเจ้าอาวาสแล้วท่านได้ปรึกษากับญาติโยมโดยมีท่านหลวงพ่อปริง วัดอังกุล ท่านกำนันสุวิช สากล ท่านผู้ใหญ่ทอน ท่านผู้ใหญ่ทองอินทร์ ผู้ใหญ่พิน พ่อมี พ่อรื่น พ่อมั่น พ่อสิงห์ พ่อยุน แม่งำ และชาวบ้านเรื่องที่จะบูรณะโรงอุโบสถใหม่ แต่เนื่องจากว่าโรงอุโบสถมีจอมปลวกและเสาบางต้นผุ ชำรุดทรุดโทรมมากไม่สามารถบูรณะได้ จึงตกลงกันที่จะสร้างใหม่ ได้ระดมทุนโดยได้รับความอุปถัมภ์จากท่านพระมหากรทิพย์ อัตตวโร จัดทำองค์กฐินจากพิษณุโลกมาทอดถวายและลูกหลานภายในหมู่บ้านที่ทำงานอยู่กรุงเทพฯ โดยการนำของคุณจำริด คุณวรรณ คุณทวี คุณทาพร คุณใจ คุณสำราญ และชาวบ้านทั้งสามหมู่ระดมทุนได้เงิน ท่านพระอธิการอินทร์ คุตตาโภ จึงได้เริ่มสร้างพระอุโบสถหลังใหม่ในวันที่ ๙ เดือนมีนาคม พ.ศ. ๒๕๓๙ แต่ยังไม่แล้วเสร็จก็ย้ายกลับวัดเดิมที่จังหวัดสุรินทร์ ในปี พ.ศ. ๒๕๔๑
ท่านพระอธิการเด่นชัย สิริจันโท ได้รักษาการและได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส ในปี พ.ศ. ๒๕๔๒ ได้ปกครองและพัฒนาวัดอย่างต่อเนื่อง เช่น สร้างศาลาป่าวิเวก สร้างห้องน้ำ สร้างกุฏิกรรมฐาน โรงครัว ปลูกสวนป่ารักษ์น้ำ และสานต่อการสร้างอุโบสถ จนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. ๒๕๔๘ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาใหม่ในวันที่ ๓๑ เดือนมีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๙

ลำดับเจ้าอาวาส ดังนี้
๑. พระอาจารย์กล่อม พ.ศ. ๒๔๙๙ – ๒๕๐๗
๒. พระอาจารย์ทอน พ.ศ. ๒๕๐๘ – ๒๕๑๖
๓. พระอธิการพิน จารคโต พ.ศ. ๒๕๑๖ – ๒๕๒๒
๔. พระอภิการชิต เตชธมฺโฆ พ.ศ. ๒๕๒๓ – ๒๕๓๕
๕. พระอธิการอินทร์ คุตตาโภ พ.ศ. ๒๕๓๕ – ๒๕๔๒
๖. พระครูวิสุทธิ์จันทธาดา พ.ศ. ๒๕๔๑ – ปัจจุบัน